拙作のツールをご利用いただきありがとうございます。
「调查」のピンインは正しく出力されるのに、「实地调查」のピンインが正しく出力されない問題についてですが、ソフト内部のデータベースに登録されている「实地调查」のピンインに誤りがあるため、このような出力となっております。取り急ぎ「实地调查」を選択して右クリックメニューから「辞書編集」を実行していただき、編集ダイアログでピンインを修正いただければ次回以降は正しく処理されるようになりますので、お手元にて処理していただけますと幸いです。ご指摘ありがとうございましたm(_ _)m

Pinconvをご利用いただきありがとうございます。

エクセルの声調付きフォントの問題についてですが、当方の手元でも同様の現象を確認いたしました。
Wordを経由することなく、簡単にコピー＋貼り付けができる方法がないか少し調べてみましたが、残念ながらエクセルのフォント表示の問題は当方の手元にて改善することができないため、Pinconv側でこの問題を解決するのは難しい状況です。詳細なコメントをいただきながら恐縮ですが、やはりいったんWordを経由して貼り付けていただくのが最も簡便な解決方法になると思います。

ところがやりはじめてちょっと困っていることがあります。
こちらでピンインに変換（TimesNewRoman）した後、
エクセルにTimesNewRomanのセルに貼り付けると、
なぜか「三声のピンイン」の部分だけが明朝体やSimSamになってしまうのです。
例えばnǐhǎoをそのままエクセルのセルに入れると、ǐとǎの部分だけが明朝体かSimSamで、
他のn,h,oの部分はTimesNewRomanになります。そうなった後は全部を選択してTimesNewRomanに変換しようとしてもできません。

それでどうしても第三声のフォントを直そうと、
まず、Word2003にTimesNewRomanで貼り付けしてから、次にそれをエクセルにコピーして戻すと、キレイにすべてTimesNewRomanのピンインになりました。
こちらのプログラムからエクセルに直接コピーできないので、いつもワードを経由して２回コピーしている状態です。

さらに、その後ちょっと手を加えようとその第三声のピンインの入ったセルをダブルクリックすると、それだけでまたiとaの部分だけが瞬時に明朝体などのフォントに変換され、同じように戻らなくなります。間違ってダブルクリックしてしまうことがあると、すぐに第三声が別のフォントに変わってしまうので、ちょっと困っています。

第三声のこの事象は治ることはないでしょうか？エクセルに直接コピーはできないのでしょうか？
ちなみに、極たまに大丈夫な第三声のピンインもあります。（尾wěiほか、ほんの幾つかだけでした。）
エクセルを使いたいと思うのでどうしようかと思っています。
なにか煩雑にならない良い方法があればと思います。
どうぞよろしくお願いいたします。

なお、PinConv+はすでに開発を停止しております。最新版の4.15は以下からダウンロードできますので、あわせてご参照いただければ幸いです。

http://www.karak.jp/pinconv/pinconv415.html

お教えいただければ幸いです。
よろしくお願いいたします。

改行の問題はちょっと原因が分からないですね。私も最近Windows7を導入したのですが、変換結果に改行が挿入される現象は確認できませんでした（バージョン4.11にて）。引き続き調査し、何か気がついた点があればお知らせいたします。

「払」「仏」の相互変換については、次期バージョンで対応したいと思います。
ご指摘ありがとうございました。